2018年5月，教育部科技司组织专家对“蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室”建设申请进行了论证。2018年8月批准实验室立项建设。

实验室传承内蒙古大学深厚的生态环境和自然资源学术底蕴。内蒙古大学创建之初，我国著名生态学家、中国科学院学部委员李继侗教授来校工作，把北京大学的生态地植物学教研组迁入内蒙古大学。1977年，李博院士主持设立了全国第一个生态学本科专业，开国内生态学人才培养之先河。1979年，内蒙古大学作为主持单位之一与中国科学院植物所等在锡林郭勒建立了我国第一个草原生态系统研究站，开展了草原生态系统长期定位研究。1992年成立了内蒙古自治区自然资源研究所。“蒙古高原生态学与资源利用教育部重点实验室”即建立在这样深厚的生态环境资源研究积淀之上。